已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。　　『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。　　他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。　　正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。　　而原因却不明……　　不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……